우선 콩으로 만들어진 낫토는 단백질이 풍부하다. 낫토 100g에는 17.72g의 단백질이 들어 있는데, 콩에 든 단백질은 LDL 콜레스테롤을 낮춘다. 하루 50g의 단백질을 섭취하면 LDL 콜레스테롤이 3%가량 줄어든다는 연구 결과도 있다. 낫토는 식이섬유도 풍부하다. 낫토 100g에는 식이섬유 5.4g이 들었는데, 이는 찐 고구마(100g당 3.8g)나 바나나(100g당 2.5g)보다 많은 양이다. 식이섬유는 원활한 배변 활동을 돕고, 콜레스테롤 수치를 낮춰준다. 이외에도 낫토에는 피부 노화를 지연시키는 비타민B6와 비타민E도 풍부하게 들어있다.
낫토는 혈관 건강에도 도움이 된다. 낫토의 끈적한 점성 물질에 들어 있는 나토키나아제 성분은 혈전(피떡) 생성을 막고, 혈전이 생길 경우 이를 분해하는 기능을 한다. 따라서 뇌졸중, 심근경색, 혈전증 등 심혈관질환 예방에 도움이 된다. 낫토는 또 다른 혈전 용해 효소인 우로키나제가 생성되기 전 단계 물질인 프로우로키나제를 활성화하고 혈전이 녹는 것을 어렵게 하는 혈전 용해 저해 물질인 PAI-1을 분해하기도 한다.
한편, 낫토는 점액질이 가늘고 끈기가 많을수록 좋다. 숟가락으로 떴을 때 점액질이 쉽게 끊어지면 발효가 덜 된 것이다. 낫토는 고온에서는 활성력을 잃기 때문에 생으로 먹어야 좋고, 기호에 따라 메추리알 노른자나 파, 간장, 겨자 등을 곁들여 먹으면 좋다. 먹을 땐 그릇에 담아 젓가락으로 여러 번 저어 점액질이 많이 생기게 해서 먹으면 된다. 낫토를 처음 먹어 부담스럽다면 잘게 썬 김치나 참기름과 함께 밥에 비벼 먹는 것을 추천한다.
다만, 소스가 함유된 낫토는 나트륨 함량이 높을 수 있어 주의가 필요하다. 특히 고혈압 환자는 소스나 김 등을 빼고 낫토를 먹어야 한다. 또한 항혈액응고제를 복용하는 사람은 낫토에 들어있는 비타민K가 항혈액응고제의 효과를 떨어뜨리므로 주의해야 한다.